공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례 적용 가능 여부

대도시공장에 대한 양도계약을 대도시 밖으로 공장을 이전하기 전에 체결했으나 해당 양도계약이 해지된 이상, 계약의 해지에 질의법인의 귀책이 없다 하더라도 질의법인은 대도시공장을 양도한 것으로 볼 수 없음

[회신] ｢조세특례제한법｣제60조의【공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례】를 적용함에 있어, 질의법인의 경우와 같이 대도시공장에 대한 양도계약을 대도시 밖으로 공장을 이전하기 전에 체결했으나 해당 양도계약이 해지된 이상, 계약의 해지에 질의법인의 귀책이 없다 하더라도 질의법인은 대도시공장을 양도한 것으로 볼 수 없으며, 대도시 밖으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 대도시공장을 양도하지 아니한 경우에는 ｢조세특례제한법｣제60조의 과세특례를 적용받을 수 없는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 질의법인은 ’77.4.1. 부산광역시 내 (대도시) 에서 개업하여 철강부품 (마환봉) 제조업을 영위하던 업체로, - 부산광역시 기장군 (대도시 제외지역) 으로 사업장을 이전하기 위해 ’22. 3.14. 토지를 취득한 후 ’23.9.26. 사업장을 준공하고, ’23.10.1. 본점소재지를 변경하여 기장군에서 사업을 영위중임 ○ 질의법인은 ’22.6.29. 종전 부산광역시 내 사업장 양도계약을 체결 하였으나, 양수인이 양도대금을 미지급함에 따라 ’24.12.31. 해당 양도 계약이 해 지됨 2. 사실관계 ○ 조특법§60의【공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례】적용 요건 중 조특령§56①의 ‘지방으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날’을 ‘대도시 공장의 매매계약 해지일’로 변경적용 가능한 지 여부 3. 관련법령 □ 조세특례제한법 제60조 【공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례】 ① 삭제 <2001.12.29> ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(이하 "대도시"라 한다)에서 공장시설을 갖추고 사업을 하는 내국법인이 대도시에 있는 공장을 대 도시 밖(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)으로 이전 (수 도권 밖에 있는 공장을 수도권으로 이전하는 경우는 제외한다) 하기 위하여 해당 공장의 대지와 건물을 2025년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차 익에 대해서는 해당 양도차익에서 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 「법인 세법」제13조제1항제1호에 따른 이월결손 금을 뺀 금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입 하여야 한다. 1. 수도권과밀억제권역 2. 수도권과밀억제권역 외의 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역. 다만, 해당 지역에 위치한 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지(이하 이 조에서 "산업단지"라 한다)는 제외한다. ③ 제2항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다. ④ 제2항을 적용받는 내국법인이 해당 익금불산입액 전액을 익금에 산입 하기 전에 지방 공장을 취득하여 사업을 개시하지 아니하거나 사업을 폐업 또는 해산하는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금 액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 금액 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입한다. 이 경우 익금에 산입한 금액(합병 또는 분할 및 분할합병에 의하여 사업을 폐업 하거나 해산함으로써 익금에 산입한 금액은 제외한다)에 대해서는 제33조제3항 후단을 준용한다. □ 조세특례제한법 시행령 제56조 【공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례】 ① 법 제60조제2항의 규정이 적용되는 대도시공장의 지방이전은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다. 다만, 대도시공장 또는 지방공장의 대지가 기획재정부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대하여는 법 제60조제2항의 규정을 적용하지 아니한다. 1. 지방으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 대도시공장을 양도하는 경우 2. 대도시공장을 양도한 날부터 1년 이내에 지방에서 기존공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우 3. 대도시공장을 양도한 날부터 3년 이내에 지방공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우 ② 법 제60조제2항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 부산 광역시(기장군을 제외한다), 대구광역시(달성군 및 군위군을 제외한다), 광주광역시, 대전광역시 및 울산광역시의 관할구역을 말한다. ○ 심사-양도-2020-3, 2020.6.3. 청구인이 쟁점주택 양도일 현재 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 사실은 명백하고, 투기 목적이 없었다거나 일시적으로 3주택에 해당 한 다고 하여 1 세대 3주택자의 양도소득세 중과세 규정 적용을 배제 하 라는 명문 규정이 없는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 경정청 구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것 으로 판단됨 ○ 조심-2012-서-3833, 2012.11.1. ｢소득세법｣제104조 제1항 제2호에 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것의 양도소득세율은 과세표준의 100분의 40로 규정되어 있고, 공공 용지의 수용 으로 인하여 토지의 보유기간이 2년 미만이 된 경우에 양도소득세율을 달리 적용한다는 규정이 없으므로, 처분청이 양도소득세 세율 100분의 40을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없음 ○ 부산지방법원-2011-구합-3310, 2011.10.6. 종전토지가 수용된 2007. 12. 21.로부터 법령이 정한 2년 내인 2009. 12. 11.에 이 사건 대토농지를 취득하였으나, 그 후 2010. 7. 20. 위 대토 농지 취득계약이 해제된 이상, 위 대토농지 취득계약의 해제가 원고의 잘못이 아닌 매도인의 사기에 의한 것이라고 하여도, 원고는 이 사건 대토농지를 “처음부터 취득하 지 않은 것이 되는 것이어서, 원고는 이 사건 종전토지가 수용된 2007. 12. 21.로부터 2년이 되는 날까지 다른 대토농지를 취득하 지 아니한 이상 위 양도세감면대상이 되지 않는 것으로 보아야 함 ○ 감심-2023-61, 2003.6.10. 8년 이상 자경한 농지라 하더라도 환지예정지정일부터 3년이 지나 양도 하는 농지는 감면대상에서 제외하는 것으로 사업시행자의 사업 지연 등 으로 3년이 지난 경우 제외하는 예외규정이 없는 바 양도인의 귀책사유 없이 사업지연으로 3년이 지난 후 양도하였더라도 양도소득세 감면대상에서 제외되는 것이 아닌 것임